联盟以国家战略产业和区域支柱产业的技术创新需求为导向，以企业为主体，以多样化、多层次的自主研发与开放合作创新相结合，以形成产业核心竞争力为目标，围绕优化天然药物（中藏药）产业技术创新链，运用市场机制集聚创新资源，创新天然药物（中藏药）行业产学研结合机制，实现企业、大学和科研机构在战略层面的有效结合，共同致力于突破天然药物（中藏药）技术创新和产业发展的技术瓶颈，提升我国天然药物（中藏药）产业整体水平。

联盟以共同的发展需求为基础、以重大天然药物（中藏药）产业技术创新为目标、以具有法律约束力的契约为保障，联合研发、优势互补、利益共享、风险共担。