联盟的总体目标是在政府相关政策的导引下，行业主管部门的业务指导和监督管理下，建设以国家需求和市场为导向、强化以天然药物（中藏药）龙头企业为主体、跨行业产学研相结合的创新平台，整合行业科技资源，融通行业的技术研发，组织瓶颈技术创新攻关，加快研究成果共享与转化，优化我国西北地区天然药物（中藏药）产业链，推动天然药物（中藏药）产业整体升级，提高天然药物（中藏药）行业国内外际竞争能力和市场占有率。

为了有序地推动联盟的健康可持续地发展，联盟将工作目标划分为中长期目标和近期重点任务。